Как переместить товары из определенной категории WooCommrce в черновики

Проще всего решить эту задачу с помощью SQL-запроса.

UPDATE wp_posts p 
JOIN wp_term_relationships r on p.id=r.object_id 
SET p.post_status='draft' 
WHERE r.term_taxonomy_id in (123, 456);

Вместо 123, 456 указать нужные категории товаров.